北京汇文中学始建于1871年（清同治十年）。据学校1927年编纂的《京师私立汇文中学校一览》记载：“本校肇建于前清同治十年（1871），时有美以美会初立教堂于北京崇文门内，因附设蒙学馆一所，仅有学生四名，课以四书圣经诸籍，既而四方学子负笈就学者日众，遂于馆内添筑宿舍，俾学生寄居其中专心向学。学馆分上下两斋，即今之初、高两等小学也，由是，规模课程日渐扩充雏形具矣。”

　　1882年至1884年，美以美会派贾腓力（美籍）牧师来华主持校务，是汇文档案中记载的第一任校长。

　　1884年，白雅格（美籍）牧师为校长，同年美以美会会督怀理先生来华视察教会，“见本校学子莘莘来学成绩昭著，乃议建立中学及高等学校，经营就绪，名之曰怀理书院。”（《京师私立汇文中学校一览》1927年）

　　1888年，李安德（美籍）博士为校长，同年美以美会会督阜查理先生来华视察，建议成立大学，更名为“汇文书院”。学科分设文、理、神、医、艺术等科，院内添设印字馆以翻印新书。

　　1890年，汇文学校成立董事会。

　　1893年10月23日，经董事会推举刘海澜（美籍）博士任校长。刘校长任职期间于1902年重新修建被焚毁的学生宿舍楼“德本斋”。1904年，由于学生人满为患，又建筑讲堂取名“安德堂”，以纪念前任校长李安德博士。1905年，美国人德厚先生捐助楼房一座，用作学生宿舍，名曰“德厚斋”。学校“建筑既渐完备，来学者日形踊跃，一时登籍学生除便于全国外，并远及华侨、日本、巴西、朝鲜、美利坚、英吉利、俄罗斯等国。”（《京师私立汇文中学校一览》1927年）1904年，按学部定章更名为北京汇文大学堂，1912年民国肇建，改为汇文大学校。1913年有美国高林先生捐筑宿舍楼一座，名曰“高林斋”。

　　1918年，汇文大学（Peking University）、华北协和女子大学(The North China Union College for Women)、通州协和大学合并，组建为“燕京大学”，迁到海淀区今日北京大学校址，原崇文门船板胡同校址转给汇文中学和汇文小学。

　　1919年5月4日，汇文中学师生参加中国近代史上具有划时代意义的“五四运动”。至今仍能从留存的历史影像资料中看到汇文中学师生高举汇文中学横幅，与北京大学、燕京大学、北洋大学等华北地区学生走在游行队伍中的情形。

　　1921年，刘海澜校长年迈卸任，1924年春逝世。“刘公掌校近三十载，竭尽生平之力以造就华人子弟，尽其设教目的乃为造就领袖人材，故其最初即以新知识输入中国，以启迪我国民，谓其为输入新文化之先辈实不为过，而西人如刘公之爱我华人子弟者尽无几人，刘公之德业固不可泯没。”（《京师私立汇文中学校一览》1927年）

　　1921年，达卓志（美籍）牧师为校长，1922年李天禄博士为校长，1923年曾学理（美籍）博士代理校长， 1924年刘芳为校长，1925年曾学理博士再次代理校长。

　　1926年3月，汇文中学由高凤山博士出任校长，开创由中国人全面执掌学校之先河。高凤山校长上任后，大胆革新，坚决主张独立办学、信仰自由、自上而下对学校各项工作进行全面改革，明确提出“全人教育”办学宗旨，即“增进身体健康，涵养审美情感，培植职业知能，预备升学基础，练习善用闲暇，学作良好公民，养成高尚品格”。（《京师私立汇文中学校一览》1927年）以“智仁勇”为校训，确立校旗、校色，并不顾教会中外国长老和牧师阻挠，将“圣经”由必修课改为选修、进而废除。根据国民政府新学制要求改革学制、课程设置和管理模式，构建了完备的学校体系。“本校改组完全交与华人主办，校中一切职员具以华人为主体，教育独立于焉，实现组织与课程均取最新式以合现代教育之趋势，并延聘多数本国名流为校董。”（《京师私立汇文中学校一览》1927年）

　　1927年6月，高凤山校长呈准国民政府教育部备案，遵部令变更校名为“京师私立汇文中学”，开创教会学校在中国政府立案之先声。1928年，又遵部令更名为“北平私立汇文中学”。

　　1929年，曾任北京大学校长、时任国民政府中央研究院院长的著名教育家蔡元培先生到访学校，引《中庸》原句将学校校训题释为“好学近乎智，力行近乎仁，知耻近乎勇”，并以此书赠汇文中学。

　　1935年，在高凤山校长多方募集下，学校体育馆和图书馆同时落成，教学设施遥遥领先于当时的北平中小学，甚至国内一般高校也无法与之相比。

　　1937年，北平沦陷，全面抗战爆发。高凤山校长拒绝与日伪合作，于1940年前往美国为学校募集资金。其间，由邱文明牧师协同李义信教导主任主持校务。1941年春，高凤山校长从美国归来，赴重庆积极参加抗日工作，校长事务由董事长李荣芳博士代为主持。

　　1941年9月李麐生博士出任校长，此时学校更名为北京市汇文中学。1941年12月，太平洋战争爆发，日本对美国宣战。在华教会学校被日本视为美国资产，北京市汇文中学遭日伪政府封闭接管。1942年，北京市汇文中学被改名为“北平市立第九中学”，李荣芳博士任校长。这一时期，日伪政府强制推行奴化教育。    1943年春，李荣芳博士辞职，伪北京市政府任蒯超为校长。1945年日本帝国主义投降后，李荣芳博士再次代理校长职务，学校恢复“北平私立汇文中学”校名。1946年春高凤山校长从重庆回到北平，重新主持校政，清除奴化教育，积极筹款，修缮校舍，使学校教育逐步走向正轨。1947年，经校董事会决议，捐建礼堂、科学楼各一座。后因“高林斋”不慎失火，所募集费用用以修缮高林斋，礼堂、科学楼未能建设。

　　1949年2月，北京和平解放，北平私立汇文中学和其他较大私立学校一样由军事管制委员会代表、学校各部门负责人、教师代表、学生代表组成民主管理委员会，协助高凤山校长对学校工作进行全面管理，学校还成立了工会和学生组织。

　　1952年9月，学校由北京市人民政府接管，改名为“北京市第二十六中学”。张镜担任北京市第二十六中学校长兼党支部书记。学校从一所私立学校改为公立学校，办学性质发生根本变化。

　　1956年，学校被北京市政府确定为北京市十所重点中学之一。

　　1958年，学校建筑面积21191平方米，校园占地面积84402平方米。

　　1959年，因建北京火车站，学校迁至崇文区培新街6号。搬迁后至2007年，学校建筑面积14888.95平方米，校园占地面积27171平方米。

　　据1988年《北京市第二十六中学校史》编委会撰写资料表明，这一阶段学校从领导体制、教师队伍、教育内容、学生来源和培养目标等方面都发生了根本变化。学校向工农劳动人民子弟开门，使他们有了上中学的机会。在教职员工之中进行了忠诚社会主义教育的宣传工作，进一步密切了师生关系。五十年代、六十年代初留校的一批毕业生和六十年代来校的师范院校及综合高等院校毕业生，均成为学校教育教学和行政工作的骨干。这期间，学校开展了争创“英雄班”的活动，推动了学校爱国主义教育。“任弼时班”、“吴运铎班”、“海鸥班”等英雄班集体的命名，为学生们的成长创造了有利环境。

　　1954年，北京市委做出的《关于提高中小学教育质量的决定》（简称“五四决定”）为贯彻毛泽东同志关于“身体好、学习好、工作好”的指示，全面培养人才指明了方向。学校引导教职员工制定了爱党、爱社会主义、爱国及其发展教学技能的红专计划。

　　20世纪50-60年代，学校课外活动十分丰富活跃，口琴队、民乐队、合唱队、舞蹈队、话剧队等文艺社团活跃在校园中。其中口琴队参加了1954年全国音乐周演出。五十年代学校篮球队曾获北京市冠军，六十年代中期，学校乒乓球队曾获得北京市冠军。天文小组、地质小组、无线电小组、文学“百花社”和数学“∏组”也卓有成效。这个时期由于学校教育教学质量的稳步提高，培养了多种人才。

　　1956年，学校被评为北京市教育系统先进单位，被定为市属重点学校。学校涌现一批先进模范，业务骨干，如特级教师阎述诗被评为北京市先进工作者、群英会代表。

　　1958年，林惠茹担任校长。

　　1960年，张瑞苾担任校长。

　　1961年，高万春出任二十六中学校长，他狠抓师资队伍建设和教育教学质量，使学校的教育教学水平进一步提高。

　　1966年,“文化大革命”开始，教育成了重灾区。党支部被工作组定为“四类支部”，先后有46名教员被送进了“劳改队”，教师受到各种不公平待遇和迫害，使他们的身心受到严重摧残。在这场浩劫中，高万春校长被迫害致死，语文组副组长王锡恩含冤而死。“文化大革命”时期学校正常的教育教学秩序受到严重破坏，期间学校日常工作多由工宣队、军代表代行管理。

　　1974年，蔡公期担任北京市第二十六中学校长（时称学校革命委员会主任），刘汝海任党支部书记，后由邵宝祥任党支部书记。1976年粉碎“四人帮”以后，学校积极落实政策，纠正冤、假、错案，为学校原党支部书记、校长等18位同志的冤假错案平反，并对“文革”中的一些问题进行清理。

　　1978年，陶希廉任北京市第二十六中学校长。这一年，学校再次被确定为北京市市级重点中学。

　　党的十一届三中全会以后，学校工作的重点转移到教育教学为主，全面贯彻党的教育方针的轨道上来。

　　1980年，靳邦杰任北京市第二十六中学校长兼党支部书记。同年根据北京市政府和日本东京都政府协议，北京市第二十六中学与东京都立樱町高等学校结为姊妹学校。1981年9月27日学校举办建校110周年校庆。

　　1983年，王力今任北京市第二十六中学校长兼党支部书记。1986年，高恩全任党支部书记，后任党总支书记。期间学校坚持“三个面向”和“教育必须为社会主义现代化服务，必须与生产劳动相结合，培养德、智、体全面发展的建设者和接班人”的办学指导思想，锐意改革，把端正教育思想，转变教育观念，作为深化教育改革的前提，把学校内部管理体制改革，作为改革的保证；把建立新的教学体制，作为改革的中心内容。积极推进素质教育，在实现教育现代化的新长征中不断创新，积极进取，提出建立“三个一流”的改革总目标，即实现一流师资、一流设备、一流管理。制定了《北京汇文中学素质培养纲要》，同时确定了汇文学生的素质目标，即：志存高远，有报国为民之理想；严格律己，有道德高尚之行为；视野开阔，有博取广学之欲念；特长突出，有攀登高峰之勇气；自强自励，有苦学实干之行动；身心健康，有肩负重担之能力；敢为人先，有开拓创造之意识；继往开来，有知难而进之精神。

　　1984年9月，在校园落成了校史纪念碑和彭雪枫烈士塑像，对学生进行爱国主义教育。

　　1985年，学校加入联合国教科文俱乐部组织，建立了“联合国教科文北京第二十六中学俱乐部”，成为联合国教科文组织在中国大陆的第一个基层俱乐部。

　　1988年，学校被北京市委、市政府评为教育系统先进集体。

　　1989年4月，经北京市政府批准，学校更改校名为“北京汇文中学”。学校于1989年9月24日隆重举行了“庆祝北京汇文中学建校118周年暨恢复校名大会”。遍布世界的各地校友济济一堂，共祝母校繁荣、发展。

　　1991年，学校被列为北京市普教系统深化改革的试点校，在王力今校长的带领下，以进一步扩大学校办学自主权为主要内容，以搞活学校内部机制，充分调动教师积极性，全面贯彻党的教育方针提高教育质量为主要目标，实施了包括在全国范围内率先实行教师人事改革、结构工资改革在内的六项重要改革，为教育系统的深入改革起到了表率作用。

　　1994年，受北京市侨联委托，北京汇文中学接受了三名印度尼西亚华侨在学校学习汉语，学校由此开始了新时期涉外办学的征程。

　　1994年，经北京市教育局批准，北京汇文中学尝试高中自主招生改革。学校在计划招生人数范围内，通过测试数学、英语、专项心理测试从崇文区学籍或具有崇文区户籍的应届初中毕业生中提前招收103名学生。1998年，学校再次遵照北京市教委、崇文区教委的指示和要求，又一次组织进行了高中提前招生考试改革实验，自主提前一次录满了计划招生名额。

　　1995年底，王力今校长退休卸任，李仲秋出任北京汇文中学副校长，后任校长兼党总支书记。期间学校制定了《北京汇文中学“九五”发展规划纲要》、《北京汇文中学全面实施素质教育整体改革方案》、《北京汇文中学关于加强青年教师培养工作的实施意见》等纲领性文件，提出“以人为本，重在发展”的新时期办学理念，形成新时期办学指导思想：教育必须为人的全面发展服务，学校教育必须为学生终身学习奠定坚实基础，为学生可持续发展创造良好条件。

　　1997年，经北京市教委、市侨办和市公安局批准，正式成立了“北京汇文中学语言文化学校”，招收外国留学生。2000年11月，经北京市外事办公室、北京市公安局、北京市教育委员会批准，学校正式成立 “北京汇文中学国际部”，进一步扩大了学校对外交流的规模和水平。

　　2001年，学校启动示范校扩建工程，在各级政府和领导的支持下，搬迁学校周边300余户居民和崇文小学校，扩大北京汇文中学校园面积，改建学生公寓，兴建体育馆场。2001年12月，北京市教委认定北京汇文中学为首批“北京市示范性普通高中”。2002年至2007年，北京汇文中学学生公寓、400米跑道的运动场、体育馆（含游泳馆）相继竣工投入使用。至2007年9月，学校建筑面积达57532.43平方米，校园占地面积52453.13平方米，成为北京市中心城区占地面积最大学校。

　　2001年，根据有关上级教育主管部门要求，停办初中部成为纯高中校。2005年，学校恢复初中部，招收120名初一新生。

　　改革开放以后，北京汇文中学实施教育教学整体改革、教学管理体系改革和课程设置改革，加强教师培养和科研力度，培养出了一批优秀学生。自1977年全国恢复高考以来，历年考入大学，特别是考入全国重点大学的人数在北京市均名列前茅。1985年张文凯同学列北京市文科第一名，1986年刘宁同学列北京市文科第一名，1995年赵晓宁同学列北京市文科第一名，1996年陈愈蓉同学列北京市理科第一名，1999年杨颂同学列北京市理科第一名，杨竞同学列第二名，刘冬同学列北京市文科第二名。

　　进入新世纪后，学校以全面育人，办有特色为原则，更加注重培养学生具有创新意识和创造精神。2007年11月，高三年级杨奕同学在由国家教育部、中国科协、香港周凯旋基金会联合举办的第七届“明天小小科学家”奖励终评活动中获得一等奖并荣获“明天小小科学家”称号，保送至北京大学。2008年3月，杨奕同学在第28届北京青少年科技创新大赛中获得第六届“北京青少年科技创新 市长奖”，5月份赴美国参加“英特尔国际科学与工程学大奖赛”。2008年11月，高三年级李思然同学在第八届“明天小小科学家”奖励终评活动中获一等奖并荣获“明天小小科学家”称号，保送至清华大学，后被美国哥伦比亚大学录取。2009年3月，李思然同学在在第29届北京青少年科技创新大赛中获得第七届“北京青少年科技创新市长提名奖”。

　　2008年9月，根据北京市崇文区政府与青海省黄南藏族自治州政府对口支援协议，受崇文区政府委托，北京汇文中学开办青海省黄南藏族自治州高中班，首批招收25名学生。

　　2009年7月，李仲秋校长退休卸任。陈维嘉担任北京汇文中学校长，白瑞祥任党总支书记。

　　至2010年9月，汇文中学有教职工191人，专任教师128人，其中，副高级职务68人，中级职务69人，中高级以上职务教师占教师总数的比例为75%；市级学科带头人1人，市级骨干教师 5人，特级教师4人。2009年9月物理特级教师张国获“全国模范教师”称号。

　　学校硬件建设水平继续得到提升。2009年，学校新建通用技术实验室3个，完成理化生实验室12个改造项目，学校实验教学硬件环境大大改善，相关学科教学设施设备得到充实，为贯彻新课标，提高教学质量提供良好条件。2010年，学校开始规划教学楼重建工程和附属设施加固改造工程。

　　2010年6月，学校第六届教代会第一次会议通过《北京汇文中学阶段发展规划（2010—2013）》。规划确定了学校办学指导思想、工作方针和学生培养目标。指导思想：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，遵循《国家中长期教育改革和发展规划纲要》的基本精神，遵循教育规律，依法执教。贯彻党的教育方针，坚持教育为社会主义现代化建设服务，为人民服务，与生产劳动和社会实践相结合，培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人。工作方针：立足北京汇文中学教育教学的实际状况，继续坚持“以人为本，重在发展”的办学理念，积极开展价值观教育和校园文化建设。学生培养目标是：促进、引导学生学业进步和人文素养的提高；奠定学生成为拔尖创新人才所必备的品德、知识、能力等坚实基础，培养身心健康、品味高尚的具有国际视野的世界城市公民。

　　学校认真总结百余年办学经验，积极探索新时期人才培养道路，在坚持全面发展，坚持以人为本，重在发展前提下，建立符合人才成长规律和教育规律，满足个性化需求，提升教育质量，适应学生主动发展、长远发展的“整体设计、分段落实、注重基础、关注个性、相互衔接”的联动培养体制。其基本内容是：建立在上级教育委员会指导下的、以学校联盟为主要形式的校际合作模式。建立小学、初中、高中纵向培养模式的汇文中学联盟，在课程设置与开发、人员交流、学生升学等方面进行全方位合作与实验；建立有机衔接，覆盖基础教育各学段的、国家课程指导下的自主课程结构和体系；建立注重于考察学生综合能力、兴趣和发展潜质的评价机制；有计划地与国内外高等院校、科研院所开展教育教学科研和促进创新人才培养等方面的合作。

　　2010年7月，根据国务院对北京市政府关于调整首都功能核心区行政区划请示的正式批复，北京市东城区与崇文区合并，设立北京市新的东城区，为北京汇文中学的发展提供了新的契机。2010年11月，学校教学楼重建工程和附属设施加固改造工程开始启动。2010年12月9日，东城区政府和朝阳区政府签署协议，东城区教委将用弘善家园教育配套设施开办北京汇文中学朝阳学校和汇文实验小学朝阳学校。2010年12月22日，东城区丁香胡同小学在140周年校庆大会上正式恢复原校名北京市汇文第一小学。2011年7月7日东城区教委正式宣布成立北京汇文中学校区，北京汇文中学、北京市汇文第一小学成为首批联盟校。

　　2011年，在全校教职员工努力之下，北京汇文中学取得一系列喜人成绩。2011年3月27日高三年级李星煜同学获得“第九届北京市青少年科技创新市长奖”。2011年4月17日，在东城区首届中小学生田径运动会上，北京汇文中学代表队获得中学组获得高中团体第一和初中甲组团体第一。6月，高三学生马思佳、杨凡、侯怡然三位学生囊括北京市高考新东城区理科前三名，徐成列文科第三名，达到北京大学、清华大学录取线的学生人数列东城区各校之首。同时，首批招收的黄南藏族自治州高中班学生（全部为理科学生）回原籍参加高考取得优异成绩，囊括黄南州理科前三名。同年参加高考的来自11个国家的17名国际部学生，2人被北京大学录取，7人被清华大学录取，10人被中国人民大学录取（其中2人同时被北京大学、清华大学录取）。